Antes de la ampliación monástica, el santuario se mantuvo como priorato secular durante cuarenta y ocho años en los reinados de Alfonso XI de Castilla y Enrique II de Castilla, bajo patronato real y señorío civil. En 1389 pasó a ser monasterio, según una real provisión expedida por Juan I de Castilla. Sus nuevos moradores fueron los monjes de la Orden Jerónima, una comunidad de 32 miembros procedentes de San Bartolomé de Lupiana. En 1835 tuvo lugar la exclaustración, quedando la iglesia para uso de parroquia dependiente de Toledo. Años después se declaró al conjunto Monumento Nacional (1879). Alfonso XIII consignó una Real Orden para la entrega del santuario a los frailes franciscanos, con lo que comenzó una nueva etapa. Pío XII, en 1955, encumbró el santuario a la condición de basílica.1
